陸軍指揮學院前身是新四軍游擊支隊隨營學校,1938年11月26日創建于河南省杞縣傅集,新四軍游擊支隊司令員兼政治委員彭雪楓將軍兼任校長。
1940年3月18日隨營學校擴建為抗日軍政大學第四分校, 彭雪楓繼續兼任校長。1944年9月11日,彭雪楓在戰斗中不幸犧牲。
1945年3月24日,將抗日軍政大學第四分校命名為雪楓軍政大學,由新四軍第四師師長張愛萍兼任校長。
1946年4月,雪楓軍政大學、蘇中公學和華中野戰軍隨營干部學校合并組成華中雪楓大學,由粟裕兼任校長。11月25日,由華中雪楓大學、山東軍區軍政學校、東江縱隊以及淮南隨營學校和山東軍區通信學校等5個單位統一改編為華東軍事政治大學,并在山東省莒南縣大店舉行了學校成立大會暨第一期開學典禮,中央軍委任命華東軍區副司令張云逸兼任校長,余立金、曾生任副校長。
1949年7月,我軍勝利結束渡江戰役,寧、滬、杭等大城市迅速解放,為了加速我軍的干部隊伍建設,中央軍委決定,將前華東軍事政治大學與三野軍政干校合并,正式成立新的華東軍事政治大學,并任命陳毅元帥兼校長和政治委員,陳士榘任副校長,鐘期光任副政治委員。同年10月18日,在南京孝陵衛舉行第一期開學典禮,全校教職員工達3萬7千余人。
1950年6月20日,毛主席為華東軍大題詞:“華東軍政大學日進有功,培養大批國防建設人才。”朱總司令員題詞:“努力學習軍事科學和革命理論,為建設近代化的強大國防軍而奮斗。”
1951年1月15日,中央軍委決定以華東軍大主要部分改建為中國人民解放軍第三高級步兵學校,由余立金任校長兼政治委員,劉清明、高銳任副校長。5月2日,“三高”升格組建總高級步兵學校,主要擔負全軍步兵營、團職軍政指揮員培訓任務。
1953年1月7日,毛主席親自為“總高”題寫訓詞,為學院的發展指明了方向。
1959年2月18日,軍事學院留下的3個系與“總高”步兵學校合并,成立南京軍事學院,“總高”成為該院的辦學主體,主要擔負中級指揮軍官、參謀軍官和外軍留學生的培訓任務,廖漢生、王新亭、劉浩天、張震先后擔任學院院長,王平任政治委員。
1969年2月,學院撤銷。
1978年1月12日,在南京軍區軍政干?;A上,恢復組建成立南京高級步兵學校,直屬于中央軍委,主要培訓營、團職軍政干部,中央軍委任命張榮森為校長,丁秋生為政委。
1981年1月1日,學院改稱南京高級陸軍學校,學院的收訓任務和編制體制也作了較大調整。
1986年6月9日,改稱為陸軍指揮學院,直屬于總參謀部,成為全軍唯一的一所陸軍中級指揮院校。
1992年1月30日,江澤民同志親自為學院親筆題詞,勉勵全院官兵:“學習運用毛澤東軍事思想,研究解決新時期軍隊建設和未來作戰問題。”。
1995年起,學院被總部確定為全軍重點建設院校。
1999年6月,更名為南京陸軍指揮學院。
2005年,學院被評為全軍學員思想政治教育先進院校。
2006年,學院被評為全軍教學優秀單位,被軍委批準為“2110工程”二期建設的整體條件重點建設院校。